Добрый день!
Если я правильно понял, то то, о чем вы говорите, это смета строительства, где просто отдельно выделен НДС по закупаемым материалам, что бы вы видели структуру цены. Такая запись ни в коей мере не означает, что этот НДС вам перевыставляется или просто выставляется подрядчиком.
Соответственно с точки зрения НК РФ расчеты у вас проходят без НДС, счета-фактуры от подрядчика к вам не оформляются, НДС вы подрядчику в составе стоимости его работ не оплачиваете, права на вычет входного НДС у вас не появляется.
Во избежание недоразумений, может, стоит подумать над тем, чтобы убрать описанные вами строчки из документации, т.к. толку от них никакого, а сумбур вносят.
Цитата: Обязан подрядчик выставлять нашей организации счет-фактуру за материалы? Ведь мы теряем сумму НДС в связи с тем, что у нас заключен основной договор на выполнение СМР и ПНР по объектам, где стоимость работ и затрат включает НДС 18%.
Тут могу только предложить менять схему работы - проводить работу иждивением заказчика, например. Или платить подрядчику посредническое вознаграждение, чтобы он для вас закупал нужные материалы (от своего имени, но за ваш счет). Это усложнит учет, но вернет вам НДС.